BLUE REFLECTION: Second Light segue le avventure di tre studentesse, Ao Hoshizaki, Kokoro Utsubo e Yuki Kinjou. Improvvisamente trasportate in una misteriosa accademia fluttuante, decidono di cercare indizi per trovare un modo per tornare a casa. Sprovviste di qualsiasi ricordo, si ricordano solo del loro nome. Un giorno scoprono un sentiero che porta a un nuovo mondo, ma quando cercano di svelarne il mistero, vengono immediatamente raggiunte da un'orda di mostri sanguinari. Affrontando queste malvagie creature, sbloccano poteri finora sconosciuti, che accentuano solo il carattere enigmatico del loro ambiente.